2000年9月，根據(jù)黨中央關(guān)于政企分開的戰(zhàn)略決策，中國鐵道建筑總公司與鐵道部正式脫鉤，移交中央企業(yè)工委管理。

此后，中國鐵道建筑總公司企業(yè)改革取得重大進(jìn)展。全系統(tǒng)現(xiàn)代企業(yè)制度框架基本建立，基本形成各負(fù)其責(zé)、順暢運轉(zhuǎn)、有效制衡的法人治理結(jié)構(gòu)。全系統(tǒng)范圍內(nèi)進(jìn)行了重大資產(chǎn)重組與結(jié)構(gòu)調(diào)整，將部分直屬單位劃轉(zhuǎn)集團(tuán)公司（工程局）、部分單位進(jìn)行資產(chǎn)重組與企業(yè)重構(gòu)，涉及單位34個、員工26410人、資產(chǎn)40余億元，范圍之廣、力度之大，兵改工以來前所未有。